Sách Việt Nam sử lược chép:

Trong Huế thì vua Hiệp Hòa cũng muốn nhận chính sách bảo hộ để cho yên ngôi vua, nhưng các quan có nhiều người không chịu, và lại thấy Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết chuyên chế thái quá, muốn dùng kế mà trừ bỏ đi, bèn đổi Nguyễn Văn Tường sang làm Binh bộ Thượng thư, Tôn Thất Thuyết làm Lại bộ Thượng thư, để bớt binh quyền của Tôn Thất Thuyết.Hai người thấy vua có lòng nghi, sợ để lâu thành vạ, bèn vào tâu với bà Từ Dụ Thái hậu để lập ông Dưỡng Thiện là con nuôi thứ ba của vua Dực Tông [vua Tự Đức], rồi bắt vua Hiệp Hòa đem ra phủ ông Dục Đức cho uống thuốc độc chết. Vua Hiệp Hòa làm vua được hơn 4 tháng, sử gọi là Phế Đế.Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết đã giết vua Hiệp Hòa rồi, lại thấy quan Phụ chính Trần Tiễn Thành không theo ý mình, cũng sai người giết nốt.[5]

Vua Hiệp Hòa mất ngày 30 tháng 10 năm Quý Mùi, tức 29 tháng 11 năm 1883. Năm 1891, vua Thành Thái truy phong cho ông làm Văn Lãng Quận vương (文朗郡王), thụy là Trang Cung (莊恭)

Theo Oscar Chapuis, khi Hiệp Hòa lên ngôi vua thì ông đã 36 tuổi, đủ chín chắn để nhận thấy sự chuyên quyền của các quan Phụ chính Đại thần, nên không hài lòng. Các quan đại thần Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết cũng nhận thấy thái độ của nhà vua nên cũng có ý muốn phế vua.

Năm 1883, Hiệp Hòa buộc phải ký Hiệp ước Harmand với Pháp với những điều khoản nặng nề, như nước Nam phải chấp nhận sự bảo hộ của Pháp và Pháp có quyền kiểm soát quan hệ của nước Nam với các quốc gia khác, kể cả Trung Hoa; và tỉnh Bình Thuận phải nhập vào Nam Bộ do Pháp chiếm làm thuộc địa. Với bản hiệp ước này, uy tín vua Hiệp Hòa trong triều đình cũng như với dân chúng bị tổn hại nghiêm trọng.

Trong triều đình, Tôn Thất Thuyết ra mặt chống vua, như không chịu quỳ lạy và to tiếng với nhà vua. Sự thù nghịch này làm vua Hiệp Hòa lo ngại cho tính mạng của mình, nên tìm kiếm sự hỗ trợ từ phía Khâm sứ Pháp De Champeaux, tìm cách bãi bỏ các quan Phụ chính đại thần. Không may cho vua Hiệp Hòa, việc này bị Tôn Thất Thuyết phát hiện nên Tôn Thất Thuyết ra tay trước.[6]